Program Studi Magister Agronomi yang aktif sejak tahun 1999 berdasarkan Keputusan Ditjen. Dikti. Depdikbud Nomor: 454/Dikti/Kep/1999 tanggal 23 Nopember 1999 tentang Pembukaan Program Studi Magister Agronomi di UNEJ. Pelaksanaan tata pamong di Program Studi Magister Agronomi telah dijalankan secara transparan, akuntabel, bertanggungjawab dan adil, sehingga Program Studi Magister Agronomi diberi kepercayaan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi. Sejak awal pendiriannya, Program Studi Magister Agronomi, dipercaya mengelola Program Studi Magister Agronomi dengan konsentrasi Kopi dan Kakao melalui Program Beasiswa Unggulan pada tahun akademik 2006/2007 dan 2007/2008.