Program Studi Magister Agronomi yang aktif sejak tahun 1999 berdasarkan Keputusan Ditjen. Dikti. Depdikbud Nomor: 454/Dikti/Kep/1999 tanggal 23 Nopember 1999 tentang Pembukaan Program Studi Magister Agronomi di UNEJ. Pelaksanaan tata pamong di Program Studi Magister Agronomi telah dijalankan secara transparan, akuntabel, bertanggungjawab dan adil, sehingga Program Studi Magister Agronomi diberi kepercayaan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi. Sejak awal pendiriannya, Program Studi Magister Agronomi, dipercaya mengelola Program Studi Magister Agronomi dengan konsentrasi Kopi dan Kakao melalui Program Beasiswa Unggulan pada tahun akademik 2006/2007 dan 2007/2008.
Program Studi Magister Agronomi mendapatkan akreditasi 3 kali oleh BAN-PT pada tahun yaitu:
a. Pada tahun 2006 dengan Nilai Akreditasi B (baik) berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor: 005/BAN-PT/Ak-V/S2/VII/2006 tanggal 27 Juli 2006 yang berlaku sampai 2011,
b. Pada tahun 2013 dengan Nilai Akreditasi B (baik) berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor: 158/SK/BAN-PT/Ak-XI/M/VII/2013 tanggal 20 Juli 2013 yang berlaku sampai 2018.
c. Pada tahun 2018, dengan peringkat Terakreditasi B berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor: 1907/SK/BAN-PT/Akred/M/VII/2018 tanggal 24 Juli 2018 yang berlaku sampai 24 Juli 2023.