Sejak 1961, Universitas Jember didirikan dan dikelola oleh Yayasan Tawang Alun. Fakultas Pertanian menjadi negeri pada tahun 1962 di bawah pembinaan Universitas Airlangga, dan saat ini mengelola 11 Program Studi yang terdiri dari 8 Program Studi Strata-1 (S1) (Program Studi Agroteknologi, Program Studi Agribisnis, Program Studi Ilmu Tanah, Program Studi Proteksi Tanaman, Program Studi Agronomi, Program Studi Ilmu Pertanian/Perkebunan, dan Program Studi Peternakan) dan 2 Program Studi Strata-2 (S2) (Program Studi Magister Agronomi dan Program Studi Magister Agribisnis), serta 1 Program Studi tingkat Strata-3 (S3) (Program Studi Ilmu Pertanian). Fakultas PertanianUniversitas Jembermemiliki 24 laboratorium untuk mendukung pembelajaran, riset, dan layanan kepada stakeholders. Pemanfaatan laboratorium di setiap PS sangat mendukung Program Studi Magister Agronomi, dengan pelayanan maksimal didukung pengelolaan yang baik dalam melayani kebutuhan dosen dan mahasiswa. Selain itu, Fakultas Pertanian didukung Unit Pelayanan Teknis (UPT) Taman Agrotechnopark, Laboratorium Terpadu, Perpustakaan dalam usaha meningkatkan penyelenggaraan pendidikan dan kegiatan kerjasama.

Program studi Magister Agronomi dipimpin oleh Koordinator Program Studi (KPS) yang dibantu oleh Kepala Laboratorium, Pembinaan Kemahasiswaan, Ketua riset (KeRis), Koordinator Pengabdian Masyarakat, Koordinator Komisi Bimbingan Tesis, dan Unit Penjaminan Mutu (UPM), serta para dosen dan tenaga kependidikan dalam mengelola pelayanan akademik dan kemahasiswaan.